Seis especies de murciélagos cavernícolas de Menorca, con escaso número tanto de ejemplares como de colonias, se encuentran en situación crítica y ha aumentado la mortalidad de algunos pájaros debido a las electrocuciones por línea eléctrica. Estos son algunos de los resultados negativos que resalta el programa de seguimiento de flora elaborado en la Estrategia de Conservación de la Biodiversidad de la Reserva de Biosfera. Un estudio que pretende disponer de la mejor información posible sobre la biodiversidad en la isla y sus variaciones temporales para servir así de guía en todas aquellas intervenciones de protección y conservación que se realicen.
Dentro del programa de seguimiento de flora y fauna han determinado el estado de conservación de 43 especies diferentes de flora y 122 especies diferentes de animales entre invertebrados, anfibios, reptiles, aves y mamíferos presentes en todo el territorio de Menorca.
En líneas generales el estado de conservación de especies y hábitats en la isla es bueno pero continúan aumentando las poblaciones de varias especies en peligro de extinción como el milano real, la gaviota de Audouin, el águila pescadora o el cormorán, especies que son consideradas a nivel nacional especies en peligro de extinción pero que en la isla cuentan con poblaciones saludables.
Tras el seguimiento de 17 especies de flora endémica amenazada y otras especies no endémicas en años anteriores, el programa se centró en 2017 en el estudio de 43 especies de flora vascular segetalis (aquella que crece alrededor de áreas de cultivo ) y de estanques temporales, dos ámbitos entre los que abundan especies amenazadas. Entre sus principales amenazas se encuentran las especies vegetales invasoras o la frecuentación humana.
En cuanto al reino animal, se ha realizado el seguimiento de 122 especies diferentes entre invertebrados, anfibios, reptiles, aves y mamíferos. Destaca el buen estado de conservación de la emblemática tortuga mediterránea, que cuenta con valores positivos de densidad y supervivencia en toda la Isla, así como el de los humedales, con un ligero incremento en la presencia de aves acuáticas invernantes, buenos indicadores de salud ecológica.
En investigación, durante el 2017, la Agencia ha llevado a cabo tres estudios sobre diferentes aspectos clave de la biodiversidad insular: distribución de los moluscos de agua dulce, el impacto actual de las líneas eléctricas sobre los pájaros y la actualización de la cartografía para conocer mejor el uso del territorio de la isla.
