Los murciélagos cavernícolas están en una situación crítica en Menorca. Es una de las especies más amenazadas de la isla, tanto por el escaso número de ejemplares como por el escaso número de colonias. A esta situación hay que sumar que las escasas colonias existentes sufren constantes molestias por parte de visitantes, que producen estrés a los ejemplares que habitan en estas colonias pudiendo incluso causar el abandono de la colonia.
Ante esta situación se hace urgente una pronta actuación para proteger los pocos refugios de reproducción que quedan a día de hoy en la isla. La reciente desaparición de dos colonias en años anteriores, sumada a la de otras dos desapariciones en 2018 dan una idea de la necesidad de actuar cuanto antes para evitar la desaparición de más colonias.
El Programa de Seguimiento de Biodiversidad de la Reserva de Biosfera efectúa desde 2015 un control anual a micromamíferos, murciélagos cavernícolas, al conejo de campo y a la marta.
El grupo de los quirópteros insulares está formado por 15 especies, el 45% de las especies presentes en el territorio español, entre las cuales seis son estrictamente cavernícolas. De estas, cuatro se encuentran amenazadas. Se han muestreado un total de 10 cavidades, consideradas las más importantes para la conservación de los murciélagos.
Durante el 2018, el censo durante la época reproductora estuvo condicionado por la imposibilidad de muestrear dos colonias debido a las pésimas condiciones marítimas durante el periodo de censo. Este hecho ha marcado mucho los resultados globales. Se han censado un total de 830 ejemplares de murciélagos pertenecientes a cuatro especies: Rhinolophus ferrumequinum, Rhinolophus hipposideros, Myotis capaccinii, y Myotis escalerai. Se han hallado murciélagos en cinco de las siete cavidades muestreadas. La especie más numerosa ha sido Myotis escalerai, especie de la que se ha contabilizado el 98,6% de los ejemplares censados.
Durante la hibernada se han contabilizado un total de 736 ejemplares pertenecientes a cinco especies: Rhinolophus ferrumequinum, Rhinolophus hipposideros, Myotis capaccinii, Myotis emarginatus, y Miniopterus schreibersii. La especie más numerosa ha sido Miniopterus schreibersii, habiéndose observado el 75% de los ejemplares censados. Durante esta época, el 99% de los murciélagos se concentran en dos cavidades, mostrando claramente la gran importancia de estas cavidades durante la hibernación.
