Septiembre de 2020 fue un mes de contrastes en Baleares según la Agencia Estatal de Meteorología (AEMET). Los primeros y últimos días fueron fríos, pero fue cálido en general con una temperatura media de 22.6◦C y una anomalía de 0.3◦C. En Menorca, la temperatura media fue de 22.9◦C y la anomalía de 0.3◦C. La temperatura máxima más alta se registró en Menorca el día 15, con 32.1◦C en Es Mercadal. A finales del mes se produjo una bajada de temperaturas, alcanzándose las mínimas más bajas. En Menorca se detectó en Cala Galdana con 11 grados.
En lo que respecta a precipitaciones, Por islas, en Mallorca el mes fue húmedo con 73.4 l/m2 de media, con 13.1 l/m2 más del lo habitual, un 22% más; en Menorca el mes fue normal con 58.3 l/m2 lo que supone 1.5 l/m2 menos de lo que es habitual, porcentualmente un 8% menos. Por municipios, en Menorca, se recogieron 28.8 l/m2 en es Mercadal, aunque en la isla el día de máxima precipitación fue el 11, en que se recogieron 30.8 l/m2 en Ciutadella.
Otros fenómenos a destacar es que hubo olas de más de tres metros los días 25 y 26 en Menorca destacando los 5 metros a la boya de Maó, que según Puertos del Estado, es récord para un mes de septiembre.
En cuanto al viento, el mes fue en general ventoso. En el Aeropuerto de Menorca se registraron 5 días de viento fuerte lo que supone uno más de lo normal. La racha máxima se registró el día 27 en el Aeropuerto y fue de 93 km / h, de componente norte.
