Menorca tiene como asignatura pendiente mejorar los ratios de calidad de sus aguas costeras (aguas de baño). En los datos presentados en el último informe del Mar Balear de la Fundación Marilles, Menorca fue la única isla con puntos en los que había una calidad insuficiente de sus aguas, por un caso puntual en Sa Caleta de Ciutadella y la presencia de contaminación fecal.
El índice del Mediterráneo occidental (MEDOCC) es uno de los índices bióticos que se utilizan para determinar el estado de las masas de aguas costeras definidas por la Directiva marco del agua. Emplea las comunidades de macroinvertebrados bentónicos para determinar la calidad del agua y del sedimento. Los diferentes estudios hechos en este sentido ha permitido categorizar la evolución de masas de agua por su calidad en biodiversidad.
En Menorca empeoraron las zonas de la bahía de Fornells y la del puerto de Maó. Además, en esta última, se suma que las mediciones de sedimento revelan la presencia de metales en su composición, herencia aún de vertidos industriales realizados décadas atrás. En el umbral de pasar de estado bueno a moderado se halló la Cala Sant Esteve y Cala Galdana.
Otro estudio de la biodiversidad sobre el lecho rocoso submarino (metodología CARLIT) también apunta al puerto de Maó como una zona donde ha descendido el estado ecológico a lo largo de estos últimos años. De hecho, se cifra en un 78% la masa de agua que está muy modificada en el interior del puerto. No se tienen datos de toda la extensión de la rada. Sin embargo, Cala Sant Esteve registra una comunidad de Carpodesmia que indica un estado muy bueno del agua.
Los estudios muestran un declive gradual en la calidad de las masas de agua de las Islas aunque los parámetros de Menorca se encuentran en una situación buena. Esto se extrae de uno de los índices biológicos que se emplean para determinar el estado de las masas de agua costeras definidas por la Directiva marco del agua (DMA). Utiliza la angiosperma marina Posidonia oceanica para determinar la calidad del agua.
