La calidad de las aguas costeras de Menorca ha experimentado un deterioro notable en los últimos años, según los datos comparativos desde 2005 hasta la actualidad. Aunque la mayoría de las costas menorquinas siguen manteniendo una calificación de buena o muy buena, los niveles de excelencia que caracterizaban estas aguas hace 20 años se han visto reducidos.
Entre los factores que han contribuido a este descenso en la calidad, destacan la creciente presencia de microplásticos provenientes de las factorías en la costa catalana y el vertido de lodos causado por las recientes lluvias torrenciales. Estos elementos han afectado negativamente las estadísticas de calidad del agua en la isla.
Según recoge el estudio Informe del Mar Balear publicado en internet y donde se recogen datos de los estudios en relación a la calidad de las aguas costeras, el estado ecológico de las aguas del litoral balear se evalúa mediante bioindicadores, como las macroalgas (CARLIT), los macroinvertebrados (MEDOCC) y la Posidonia oceanica (POMI). En 2005, 51,9% de los sectores evaluados en las Islas Baleares presentaban un estado muy bueno, mientras que en 2007, solo un 11,5% mantenía esta clasificación, evidenciando un claro deterioro. Este patrón de empeoramiento se ha mantenido en los años siguientes.
En Menorca, algunas áreas como la bahía de Fornells y el puerto de Maó han sido particularmente afectadas, con una reducción en la calidad del agua que las ha llevado a ser calificadas en estado moderado. Además, la evaluación en algunas zonas del norte de la isla se ha visto limitada debido a la falta de sedimentos adecuados para la aplicación de los índices de calidad. Las últimas campañas de estudio se están centrando en estas bahías, tal como ya avanzó Menorcaaldía, con la intención de conocer mejor la evolución de su riqueza ecológica.
Aunque Menorca sigue manteniendo gran parte de sus aguas en buen estado, la tendencia hacia un deterioro progresivo es evidente, lo que subraya la necesidad de tomar medidas para proteger y mejorar la calidad de las aguas costeras en la isla y es que los tres bioindicadores utilizados para evaluar la calidad de sus aguas—macroalgas (CARLIT), macroinvertebrados (MEDOCC) y Posidonia oceanica (POMI)—han revelado una tendencia preocupante. El índice CARLIT, que mide la salud de las comunidades de macroalgas, ha mostrado una disminución en el número de sectores con un estado ecológico muy bueno, destacando un deterioro en la calidad de los ecosistemas costeros. Por su parte, el índice MEDOCC, que evalúa la biodiversidad y la calidad de los macroinvertebrados en el sedimento marino, no pudo ser aplicado en su totalidad en algunas áreas del norte de la isla debido a la falta de sedimentos adecuados, limitando así una evaluación completa. En cuanto al indicador POMI, que utiliza la Posidonia oceanica como bioindicador clave, se ha observado un declive gradual en la calidad de las masas de agua de Menorca, alineado con la tendencia general de empeoramiento en toda la región balear.