El mar Mediterráneo es un mar altamente vulnerable a las invasiones de todo tipo de especies de fauna o flora debido a su situación geográfica, que hace posible la entrada de especies atlánticas tropicales de forma natural por el Estrecho de Gibraltar y de especies del Mar Rojo por el Canal de Suez. Por otra parte, sufre un intenso tráfico marítimo de barcos procedentes de cualquier parte del mundo (un 20% del tráfico mundial), que pueden actuar como vectores de transmisión de nuevas especies, tanto en agua de lastre como aquellas asociadas al casco del barco; la creciente industria de cultivos marinos que puede transferir especies exóticas a los hábitats naturales; y otra parte, menos conocida, por la liberación de especies de acuarofilia y cebos marinos.
Existe un problema creciente en el Mar Mediterráneo debido a la introducción de especies exóticas que se agrava debido al efecto del Cambio Climático Global que está incrementando una tropicalización del Mediterráneo, lo que facilita aún más las invasiones de nuevas especies de afinidades cálidas.
Algunos de los ejemplos más claros están en la llegada de medusas como la carabela portuguesa (Physalia physalis), también conocida como fragata portuguesa. Se suele encontrar en mar abierto en todas las aguas cálidas del planeta, en especial en las regiones tropicales y subtropicales de los océanos Pacífico e Índico, así como en la corriente del Golfo atlántico. Su picadura es peligrosa y muy dolorosa. Cada colonia va sola, no en grupos y hace algunos veranos que ha empezado a verse cerca de aguas de Baleares (siempre dependiendo de la temperatura del agua y de las corrientes).
A nivel de algas, la Caulerpa taxifolia ha supuesto un quebradero de cabeza para muchos ecosistemas marinos que se han visto desprovistos de su riqueza habitual puesto que esta alga actuó como especie invasora desplazando a las existentes. El IMEDEA anima a los buceadores a identificarla y avisar de su presencia. Es un alga de color verde intenso con tallos aplanados y erguidos con aspecto de plumas. Los tallos tienen unos 10cm, aunque pueden alcanzar los 40cm. Las pínulas (“hojas”) son de forma aplanada y ligeramente curvadas hacia arriba, estrechándose al llegar a la punta. Se introdujo accidentalmente en el Mediterráneo a través de un vertido procedente del Museo Oceanográfico de Mónaco en 1984. Sus vectores de expansión son el transporte marítimo: anclas y aparejos de pesca. Desde el momento en que se vertió a la mar, el alga colonizó grandes áreas del Mediterráneo occidental. En Baleares desapareció de manera natural y en esta región ha sido poco agresiva, a diferencia de lo ocurrido en zonas de Mónaco, Francia o Italia.
Según el Informe del Mar Balear de la Fundació Marilles, entre las especies incluidas en el Catálogo español de especies exóticas invasoras se encuentra un grupo de algas macrófitas marinas que se desarrolla en la zona infralitoral y cuyas poblaciones se han establecido en diferentes localizaciones de las Islas Baleares: Acrothamnion preissii, Asparagopsis taxiformis, Caulerpa cylindracea, la ya citada Caulerpa taxifolia, Halimeda incrassata, Lophocladia lallemandii y Womersleyella setacea. Asimismo, desde principios del año 2000 se incluye también el crustáceo decápodo Percnon gibbesi, que abunda en el piso infralitoral superior. Más recientemente, el crustáceo decápodo Callinectes sapidus, con interés comercial y extendido en las zonas peninsulares, prolifera desde el año 2015 en el archipiélago balear. El aumento de la temperatura media del agua del mar está facilitando que se introduzcan nuevas especies que están “empujando” a las especies autóctonas a otras latitudes y profundidades.